Nencki Genomics Portal

Portal Genomiczny Instytutu Nenckiego (Nencki Genomics Portal – NGP) to grupa powiązanych narzędzi (serwisów internetowych) i baz danych służących do analizy regulacji transkrypcyjnej.

Funkcjonalność portalu jest dostępna z poziomu przeglądarki internetowej, za pośrednictwem naszego serwera Galaxy. Dostępne za pośrednictwem portalu aktywności są pogrupowane są w 4 wzajemnie powiązane grupy:

1. analiza genomu;
2. analiza ekspresji;
3. analiza regulacji;
4. analiza funkcji.

W obrębie każdej grupy dostępnych jest szereg aktywności, np. dla analizy ekspresji w chwili obecnej możliwe są: anotacja i transformacja danych mikromacierzowych, identyfkacja genów o zmienionej ekspresji, analiza skupień, wizualizacja ekspresji genów. Aktywności w ramach portalu są wzajemnie zintegrowane ze sobą, tak że wynik jednej aktywności może zostać użyty jako dane wejściowe dla kolejnej aktywności. Na każdym etapie wyniki mogą zostać zapisane do bazy danych w celu późniejszego użycia.

Warstwa analizy jest zaimplementowana w postaci webserwisów SOAP/WSDL, zintegrowanych ze sobą w postaci potoków działających na serwerze Taverna. Umożliwia to łatwe dodawanie kolejnych aktywności, opartych o zewnętrzne webserwisy, a także integrację naszych usług w zewnętrznych potokach analizy danych.

Warstwa danych portalu to dwie bazy danych: Baza Danych Genomicznych(opisana osobno), oraz Baza Danych Ekspresyjnych – służąca do przechowywania wprowadzonych przez użytkowników danych o ekspresji genów, a także wyników wykonanych przez użytkowników analiz. Zarządzanie danymi i konta użytkowników są wspólne dla obu baz danych.

Linki:

• http://galaxy.nencki-genomics.org (dostęp z poziomu przeglądarki)
• http://www.nencki-genomics.org (dokumentacja i rejestracja)