ResiCon

ResiCon to metoda wyznaczająca dynamiczne domeny (pół-sztywne elementy strukturalne) w białkach, poprzez analizę zbioru struktur zawartych w pliku PDB. ResiCon konstruuje wirtualne rusztowanie zawieszone na aminokwasach danego białka, w którym łączenia reprezentują sztywność kontaktów między-aminokwasowych. Użyta w tym celu koncepcja kontaktu jest uogólnieniem wcześniejszego pomysłu, wykorzystanego w [1] do opisu deskryptorów lokalnej struktury. Następnie, ResiCon przeprowadza klastering spektralny, dzieląc białko na dynamiczne domeny, które odpowiadają odnalezionym klastrom.

Link: http://dworkowa.imdik.pan.pl/EP/ResiCon

Literatura:

P. Daniluk, B. Lesyng. A novel method to compare protein structures using local descriptors. BMC Bioinformatics, 12(1):344, 2011