Nencki Genomics Database

Baza Danych Genomicznych Instytutu Nenckiego (Nencki Genomics Database – NGD) udostępnia dane o obszarach regulatorowych w skali całych genomów człowieka, myszy i szczura. W przypadku szczura, jest to pierwsza tego typu baza na świecie. Baza NGD jest oparta o referencyjną bazą danych Ensemble funcgen, której zawartość i funkcjonalność poszerza o:

1. możliwość dodawania danych użytkowników, z możliwością zarządzania przez użytkownika dostępem do posiadanych danych,
2. wyniki wyszukiwania wystąpień znanych motywów wiążących czynniki transkrypcyjne (Jaspar, Transfac Professional) w skali całych genomów, oraz wyniki wyszukiwania niekodujących sekwencji zachowanych ewolucyjnie,
3. procedury składowane obliczania przecięć, pomiędzy obszarami regulatorowymi i pomiędzy obszarami regulatorowymi a wystąpieniami motywów wiążących czynniki transkrypcyjne, oraz procedury mapowania obszarów regulatorowych do genów.

Całość bazy danych i procedury składowane są dostępne za pomocą klienta mysql oraz (zalecane) za pośrednictwem webserwisów.

Dostęp do bazy danych z poziomu przeglądarki internetowej jest możliwy za pośrednictwem Portalu Genomicznego Instytutu Nenckiego i umożliwia wizualizację zawartości bazy danych dla wybranych przez użytkownika genów, oraz eksport tych danych do plików tabelarycznych. Publicznie dostępne obszary dodane przez użytkowników mogą być także zwizualizowane w przeglądarce Ensembl Genome Browser, jako ścieżka DAS.

Linki:

• http://galaxy.nencki-genomics.org (dostęp z poziomu przeglądarki)
• http://www.nencki-genomics.org (dokumentacja i rejestracja)

Referencje:

• Krystkowiak I, Lenart J, Debski K, Kuterba P, Petas M, Kaminska B, Dabrowski M. Nencki Genomics Database–Ensembl funcgen enhanced with intersections, user data and genome-wide TFBS motifs. Database (Oxford). 2013 Oct 1;2013:bat069. doi: 10.1093/database/bat069.