DEDAL

DEDAL (DEscriptor Defined ALignment) służy do obliczania uliniowień strukturalnych dla podanej pary struktur białek bez traktowania ich jako obiekty sztywne. Uliniowienie obliczane jest na podstawie lokalnych podobieństw, z których następnie składane jest globalne uliniowienie. Dzięki definicji lokalnego deskryptora, który obejmuje przestrzenne (nie sekwencyjne) otoczenie wybranej reszty aminokwasowej, możliwe jest odstąpienie od wymuszania jednakowego nanizania podobnych fragmentów na sekwencje uliniawianych białek. Analiza podobieństwa struktur jest wyczerpująca, ponieważ wszystkie lokalne podobieństwa są brane pod uwagę. Ponadto uliniowienia obejmują wyłącznie obszary, w których stwierdzono faktyczne podobieństwo strukturalne.

Link: http://dworkowa.imdik.pan.pl/EP/DEDAL

Literatura:

P. Daniluk, B. Lesyng, A novel method to compare protein structures using local descriptors, BMC Bioinformatics 2011, 12:344

Daniluk, Paweł, and Bogdan Lesyng. Theoretical and Computational Aspects of Protein Structural Alignment. Computational Methods to Study the Structure and Dynamics of Biomolecules and Biomolecular Processes. Springer Berlin Heidelberg, 2014. 557–598.