Infrastruktura informatyczna IBB PAN została specjalnie przystosowana do kooperacji z największym ośrodkiem bioinformatycznym Europy – European Bioinformatics Institute (EBI). W ramach tej współpracy IBB PAN stał się w pełni funkcjonalnym lustrem serwisów bioinformatycznych i biomedycznych udostępnianych przez EBI.
W ramach pierwszego etapu prac zostały udostępnione następujące bazy danych oraz towarzyszące im serwisy:
- UniProt Knowledge Database (UniProtKB)
- Molecular Structure Database (MSD)
- Biomodels Database i InterPro
- Ensembl i Ensembl Genome Browser.