BioCentrum Ochota

Biocentrum Ochota posiada unikalny w skali kraju potencjał naukowy w dziedzinie nowoczesnych badań biologicznych oraz zastosowań tych badań w medycynie i biotechnologii. W wyniku prowadzonych prac własnych, instytuty wchodzące w skład Konsorcjum wytworzyły liczne metody bioinformatyczne interesujące dla szerokiego kręgu odbiorców – instytucji naukowych, edukacyjnych, służby zdrowia i firm działających w obszarze nowoczesnych technologii.Połączenie kompetencji uczestników projektu pozwoliło na zaproponowanie szerokiego zakresu serwisów adresowanych do licznych grup odbiorców – lekarzy, przedsiębiorców, nauczycieli akademickich, studentów, pracowników nauki. Stosunkowo niewielki, w porównaniu do oferowanych korzyści, zakres rzeczowy projektu wynika z wykorzystania istniejącego już potencjału w instytutach Biocentrum Ochota.Biocentrum Ochota to zintegrowanej infrastruktury informatycznej, umożliwiającej tworzenie, budowę i scalenie baz danych oraz aplikacji, na bazie już istniejących, unikalnych w skali kraju serwisów informatycznych. narzędzi informatycznych oferowane przez poszczególne instytuty, są poprzez portale tematyczne (BioInfo, BioMed, BioTech), dedykowane dla poszczególnych grup użytkowników (nauka, edukacja, służba zdrowia, przemysł)Jako sprzętowa i programowa podstawa dla aplikacji powstała sieć typu GRID składająca się z sześciu klastrów, o sumarycznej mocy obliczeniowej rzędu 20 TFLOPS, powiązanych szybkimi łączami, z przestrzenią dyskową o wielkości ponad 4 petabajtów. Sieć umożliwia udostępnianie wirtualnych stacji roboczych o zamówionych zasobach, pracujących pod systemem operacyjnym wybranym przez użytkownika. Cały system dostępny jest tez poprzez specjalne aplikacje webowe. Współczesna nauka ma wymiar globalny, i o ile globalizacja w znaczeniu ogólnym może budzić kontrowersje, o tyle w nauce jest ona zjawiskiem jednoznacznie pozytywnym. Naukowcy powinni bowiem mieć równe szanse, co oznacza, że powinni mieć jednakowy dostęp do tych samych informacji i możliwości ich przetwarzania oraz do laboratoriów. Uzyskane wyniki pracy naukowej winny być powszechnie dostępne, gdy tylko ich autorzy zdecydują się na ich ujawnienie. Łatwość kojarzenia i wspólnej pracy zespołów międzynarodowych i interdyscyplinarnych winna powodować przyspieszenie uzyskania istotnie nowych wyników. Warunkiem koniecznym praktycznej realizacji takiej wizji światowej społeczności naukowej jest powszechna dostępność odpowiedniej infrastruktury informatycznej nauki.
M.Stroiński, J. Węglarz, NAUKA 2/2008

Wybrane serwisy dostępne poprzez Portal Biocentrum Ochota:

• zintegrowany serwis internetowy do przewidywania struktury i funkcji makrocząsteczek biologicznych, białek i RNA,
• codziennie uaktualniane, we współpracy z European Bionformatics Institute, bazy danych struktur makrocząsteczek (MSD), danych o białkach (UNIPROT) i ich oddziaływaniach (INTERPRO), genomach eukariotycznych (ENSEMBL) oraz narzędziach symulacyjnych biologii systemów (BIOMODELS),
• serwis internetowy do przewidywania struktur receptorów GPCR i dokowania ligandów oraz ustalenia oddziaływania ligandów na przełączniki molekularne receptora,
• narzędzia służące do gromadzenia, zarządzania, analizowania i wizualizowania danych o regulacji ekspresji genów (dane o sekwencji genomowej, genach, obszarach regulatorowych i wystąpieniach miejsc wiążących w skali całych genomów zostaną zintegrowane w bazie danych),
• serwisy bioinformatyczne i medycyny molekularnej do przetwarzania i analizy danych pochodzących z eksperymentów wielkoskalowych: proteomiki, genomiki i transkryptomiki, umożliwiające m.in. automatyczną adnotację białek, tworzenie funkcjonalnych map interakcji między nimi oraz symulacje onkogennych szlaków sygnałowych,
• zestaw narzędzi do konstrukcji trójwymiarowych atlasów mózgów niższych ssaków na podstawie dwuwymiarowych danych połączony z bazą danych skrawków mózgu i przykładową rekonstrukcją,
• środowiskowe repozytorium obrazowe i sygnałowe wraz z dedykowaną bazą metadanych przeznaczoną do lokalnego i zdalnego dostępu, oraz z aplikacjami do wizualizacji i analizy zgromadzonych danych, z przeznaczeniem dla serwisu telemedycyny radiologicznej, tele- i neuropatologii oraz dla potrzeb internetowych systemów szkoleniowych,
• wieloośrodkowa komputerowa baza danych przeznaczona do kompleksowego wieloletniego monitorowania wyników diagnozowania, obserwacji i leczenia pacjentów z przewlekłą białaczką limfocytową B-komórkową (B-PBL), wraz z zestawem narzędzi do analizy zebranych danych w celu doboru optymalnego sposobu leczenia (chemioterapia i/lub immunoterapia), oceny bieżącego stanu pacjenta i predykcji zmian,
• aplikacje, umożliwiające lekarzom i fizjologom przeprowadzanie zdalnych doświadczeń i badań na bazie Wirtualnego Układu Oddechowego,
• bazy danych informacji o materiałach konstrukcyjnych, obejmująca również materiały do zastosowań medycznych i nanomateriały,
• baza danych o projektach finansowanych w Programach Ramowych Unii Europejskiej jako narzędzie wspomagające badania.